Концепция уровней претерпела существенные изменения — по задумке разработчиков, они стали более нелинейными, создавая ощущение полуоткрытого мира. Игровые локации делятся на зоны, между которыми можно свободно перемещаться, выполняя те или иные задания. Бренд-директор серии Карл Стюарт отмечал, что студия постаралась подарить геймерам как можно больше свободы, чтобы избавить игроков от ощущения навязчивого прохода через цепочку скриптов. Исследование мира открывает новые способности, а последние, в свою очередь — новые части уровня.
Все игровые квесты строятся вокруг натуралистичной физической модели и базируются на контроле массы и веса, свойствах огня, воды, ветра и различных материалов. Разработчики не стали создавать полностью открытый мир, поскольку центральное место в проекте занимает сюжет. Изобретение загадок являлось одной из наиболее сложных проблем при проектировании уровней, так как они напрямую зависели от окружающей обстановки, физики конкретной ситуации и определяли взаимодействие игрока с внутриигровым миром. В прошлых играх серии головоломки основывались на механике рычагов и нажимных плит, в Tomb Raider же загадки более органично вписаны в игровой контекст. Первые этапы игры построены таким образом, чтобы обучить игрока правилам, по которым взаимодействуют различные предметы. В проекте присутствуют задачи с несколькими способами решения
