47-й на время отдаёт Викторию в монастырский приют, пока не разберется с ситуацией. Затем он связывается с «Птахой» — торговцем информацией и поручает ему добыть информацию о девушке и её связи с агентством. Взамен Птаха требует устранить своего конкурента, который зовет себя «Королём» Чайнатауна. 47-й находит «короля» на площади Чайнатауна и убивает его. Тогда Птаха просит 47-го отдать свой кейс с фирменным оружием. 47-й соглашается. Чуть позже Птаха звонит 47-му и сообщает ему о неком Блейке Декстере — богатом бизнесмене. Он знает что-то о девушке и в данный момент проживает в отеле «Терминус» в номере 899.
47-й пробирается в отель и находит комнату № 899, но его оглушает Санчес — один из подручных Блейка. Блейк решает подставить 47-го, убивает уборщицу, подсовывает агенту нож и поджигает отель. 47-й приходит в себя и убегает из горящего отеля. Он пробирается по крыше, сквозь кишащие полицейскими библиотеку, жилые квартиры, станцию метро и уезжает на поезде.
Птаха решает помочь 47-му в устранении всех тех, кто знает Блейка Декстера, и дает агенту наводку на клуб «Лисичка», где хозяином является Дом Озмонд — один из близких друзей Блейка. 47-й пробирается в клуб, устраняет Озмонда и уходит из клуба. Внезапно на Птаху нападают подручные Вэйда — также одного из друзей Декстера. 47-й спешит в Чайнатаун, где находятся трое подручных Вэйда. 47-й устраняет головорезов, но не успевает добраться до Птахи.
На самом деле Птаха, под страхом смерти, примкнул к Вэйду, обманув 47-го. 47-й решает срочно увезти девушку из страны, так как за ней охотятся и Тревис, и Декстер. Он прибывает в приют, куда через несколько минут вторгается банда Вэйда. 47-й пробирается через приют и добирается до подвальных помещений.
Тем временем Викторию схватили Вэйд и Ленни, сын Блейка Декстера. Агент № 47 пробирается через подвал и убивает Вэйда, но Ленни захватывает девушку и уходит. 47-й обнаруживает у Вейда спичечный коробок с надписью «Хоуп. Южная Дакота».
47-й уезжает из Чикаго в городок Хоуп. Там он находит бармена, у которого останавливался Ленни, и допрашивает его. Бармен говорит о том, что Ленни сейчас на своей территории в городке. 47-й решает отправляться, но ему звонит Птаха, который ведет «двойную» игру: находится на стороне Декстера и в то же время 47-го. Он советует 47-му забрать свои пистолеты в одном из оружейных магазинов.
47-й прибывает в магазин, однако владелец не желает продавать сильверболлеры. Их можно получить, обыграв девушку — чемпионку по стрельбе, или тихо украсть их, найдя ключ от замка. Затем 47-й успешно истребляет банду Ленни, а его самого оглушает, запихивает в багажник и увозит в пустыню. 47-й заставляет Ленни выкопать себе могилу, тот впадает в истерику и рассказывает, что Викторию держит у себя Санчес. 47-й проникает на фабрику Декстера, под которой скрывается нелегальная лаборатория, где проводятся эксперименты над людьми.
47-й проходит сквозь площадку для экспериментов и убивает главного исследователя. Из журнала 47-й узнает о том, что Виктория обладает сильнейшими способностями, как и сам агент. 47-й покидает базу и отправляется к Санчесу, который встречается на ринге с бойцом по прозвищу Патриот. 47-й убивает Санчеса прямо на ринге и уходит. От него 47-й узнаёт, что Виктория находится у шерифа Скерки. Ночью на отель, где он остановился, нападают боевики агентства под руководством «Святых» (девушек, одетых под монахинь). Их послал Тревис, чтобы убить 47-го, но 47-му удаётся уничтожить всех «Святых». В штабе отряда 47-й отвечает на телефонный вызов и понимает, что за боевиками стоит Тревис. 47-й отправляется в здание суда и проникает в изолятор, где попадается в ловушку Скерки. Появляется Декстер и пытает 47-го.
47-му удаётся освободиться и бежать из тюрьмы. Он пробирается через улицы Хоупа, где боевики агентства устраивают хаос и добирается до церкви, где укрылся Скерки. 47-й убивает шерифа и решает добраться до Декстера. Он прибывает к своему портному и меняет нынешний костюм на свой фирменный приталеный черный костюм с белой рубашкой и красным галстуком. Затем 47-й проникает в отель Блэкуотер, в пентхауз Декстера, который тем временем совершает сделку с Тревисом. Декстер получает от Тревиса 10 млн долларов и назначает место, где он отдаст Тревису Викторию. 47-й убивает помощника Декстера Лейлу и поднимается на крышу, заминированную Декстером. На крыше 47-й убивает Декстера и спасает Викторию.
47-й улетают с девушкой на вертолёте. Он решает убить Тревиса и проникает на кладбище, охраняемое агентами ICA, где добирается до помощницы Тревиса Джейд. Тревис скрывается в крематории, 47-й убивает трёх элитных охранников («преторианцев») и вламывается в здание. На вопрос Тревиса действительно ли 47-й убил Диану, 47-й отвечает: «ты этого никогда не узнаешь» и убивает Тревиса. Тогда 47-ой узнал всю правду об истинных намерениях Тревиса, о том, что Агентство давно продано, а сам Бенджамин сотрудничал с нацистами доктора Орт-Майера. Уходя с кладбища 47-й вспоминает просьбу Дианы перед смертью, о том что Тревиса нужно ликвидировать.
Позже 47-й видит в снайперский прицел Викторию, к которой подходит Диана и обнимает её, говоря, что она правильно сделала, не став убийцей, и что Тревис мертв. Из этого очевидно, что 47-й не убил Диану во время первого задания. В конце миссии, во время подсчёта статистики, голос Дианы говорит, что 47-й успешно выполнил контракт на Тревиса. В самом конце к шефу полиции мечтающему поймать 47-го приходит Птаха и заявляет, что он поможет найти 47-го.