Как и в оригинальной версии игры, в Counter-Strike: Sourcе друг другу противостоят команда контр-террористов (CT, спецназа) и команда террористов (Т) в серии раундов.
Каждый раунд выигрывается посредством выполнения определённой миссии (такой как подрыв бомбы или спасение заложников), либо после уничтожения всех членов вражеской команды.
Игровой процесс аналогичен таковому в Counter-Strike. Большинство видов оружия также идентично оружию в Counter-Strike 1.6, за исключением щита, который был доступен контр-террористам. В поздних версиях покупка патронов стала производиться автоматически в начале раунда и при покупке нового оружия. Патроны теперь бесплатные, сразу дается полный боезапас при покупке оружия, их также можно пополнить вернувшись на место покупки.
Все классические карты из оригинальной игры были воссозданы заново, с учетом новых возможностей игрового движка: повышена детализация за счет более проработанных текстур и моделей. В первой версии игры число карт было невелико, но позже разработчики добавляли с помощью системы Steam новые карты, расширяя возможности игры.
В CS:S используются ремейки старых карт, а также несколько новых карт, созданных разработчиками специально для Source-версии. Существует 18 стандартных карт: cs_assault, cs_compound, cs_havana, cs_italy, cs_militia, cs_office, de_aztec, de_cbble, de_chateau, de_dust, de_dust2, de_inferno, de_nuke, de_piranesi, de_port, de_prodigy, de_tides, de_train.
Дополнительные карты также производятся поклонниками игры; существуют и глобальные модификации на основе Counter-Strike: Sourcе, изменяющие стилистику игры и правила боя.