Главный герой, Джейсон Броди, отправляется с друзьями в отпуск на необычайно красивый тропический остров Рук Айленд. После парашютного прыжка, приземлившись на одном из островов архипелага, они попадают в руки к местным пиратам под руководством Вааса Монтенегро — психопата, наркомана и садиста.
Ночью Грант, старший брат Джейсона, инициирует вместе с ним побег, используя свои армейские навыки, и по ходу дела учит нескольким приемам бесшумного передвижения по вражеской территории. Однако побег заканчивается трагедией, и Грант умирает от рук Вааса, а Джейсону в качестве насмешки дают тридцать секунд на побег, при этом говоря: «Если не джунгли тебя сожрут, то я». Во время переправы через канатный мост героя застигает врасплох боевой вертолет пиратов. Пулеметные выстрелы перебивают веревки —Джейсон падает в реку и теряет сознание. Его спасает глава местного сопротивления — Деннис Роджерс, который считает Джейсона воином, ибо тот единственный, кто смог сбежать из лагеря пиратов и остаться в живых. Набив парню его первую татау (местная традиционная татуировка воина) и быстро объяснив ситуацию, Деннис втягивает Джейсона в продолжительную войну повстанцев и пиратов за власть над островом, обещая помочь ему освободить остальных друзей.
По мере выполнения миссий Денниса, Джейсон освобождает остров от пиратов, спасает своих друзей и сопровождает их в безопасное место, под опеку доктора Алека Эрнхардта. С ростом навыков героя и по мере прохождения испытаний, племя Ракьят и его вождь Цитра Талугмай признают его как способного воина. Узнав о гибели своего младшего брата Райли, Джейсон отказывается уехать с острова со спасенными друзьями, участвует в штурме лагеря пиратов и убивает Вааса Монтенегро. Действие переносится на Южный остров, где Джейсон с помощью агента ЦРУ Хантли участвует в операции по уничтожению главаря наемников и пиратов Хойта, проникнув в его окружение под видом наемника-рекрута. Здесь выясняется, что младший брат Райли на самом деле жив, Джейсон убивает Хойта и вместе с Райли спасается с острова на вертолете под звуки Полёта валькирий Вагнера (аллюзия к фильму Апокалипсис сегодня).
Вернувшись к особняку доктора Эрнхардта, Джейсон обнаруживает, что особняк был подожжен в результате нападения воинов Ракьят, сам доктор смертельно ранен, а его друзья — схвачены. Придя в храм Ракьят, Джейсон становится перед выбором: либо присоединиться к Цитре и стать воином Ракьят, либо освободить своих друзей. В зависимости от выбора игрока, доступны две альтернативные концовки игры, после которых остается доступным режим свободного исследования острова:
1)Джейсон убивает друзей, производит ритуальный половой акт с Цитрой, после чего она убивает Джейсона, называя его великим воином и обещая, что их ребёнок станет вождем Ракьят.
2)Джейсон освобождает друзей, разгневанный Деннис бросается с мачете на Джейсона, но Цитра вступается за него, и Деннис случайно убивает вместо Джейсона Цитру, вставшую на его пути. Умирающая Цитра признается Джейсону, что любит его. Джейсон и его друзья покидают остров.