Âî âòîðîì ýïèçîäå íåò òàêîãî ñîñðåäîòî÷åíèÿ íà êîîïåðàòèâíîé èãðå, êàê â ïåðâîì: õîòÿ ñþæåòíî èãðîê ïðîõîäèò âñþ èãðó âìåñòå ñî ñâîåé íàïàðíèöåé Àëèêñ Âýíñ, âî ìíîãèõ èãðîâûõ ñîáûòèÿõ îíà ïî òåì èëè èíûì ïðè÷èíàì íå ïðèíèìàåò ó÷àñòèÿ. Êðîìå Àëèêñ, èãðîêó ïðåäñòîèò ñðàæàòüñÿ áîê î áîê ñ äðóæåñòâåííûìè âîðòèãîíòàìè.
 Episode Two áûë íåìíîãî èçìåí¸í èíâåíòàðü èãðîêà: ôîíàðèê òåïåðü ðàáîòàåò íà íåçàâèñèìîé îò HEV-êîñòþìà Ôðèìåíà áàòàðåå. Ðàçðàáîò÷èêè ðàñøèðèëè êðóã èñïîëüçîâàíèÿ ãðàâèïóøêè: ïîìèìî ïðèìåíåíèÿ å¸ âìåñòå ñ áîìáàìè äëÿ ñòðàéäåðîâ, áûëî äîáàâëåíî ìíîæåñòâî íîâûõ îáúåêòîâ, êîòîðûå ìîæíî çàïóñêàòü âî âðàãà.
Ñþæåò ýïèçîäà íà÷èíàåòñÿ òàì, ãäå çàêàí÷èâàåòñÿ Episode One. Ïîñëå âçðûâà Öèòàäåëè ïîåçä, íà êîòîðîì óåçæàëè Ãîðäîí Ôðèìåí è Àëèêñ Âýíñ, ïîïàäàåò ïîä âçðûâíóþ âîëíó è òåðïèò êðóøåíèå. Èì ïðèõîäèòñÿ äîáèðàòüñÿ äî ãëàâíîé áàçû Ñîïðîòèâëåíèÿ — êîìïëåêñà «Áåëàÿ Ðîùà» — ñâîèìè ñèëàìè. Ãëàâíàÿ öåëü — äîñòàâèòü â Áåëóþ Ðîùó äàííûå, äîáûòûå â Öèòàäåëè, ãäå ñîäåðæàòñÿ ñåêðåòíûå ïëàíû ðóêîâîäñòâà Àëüÿíñà, à òàêæå êîä ÷àñòîòû ñâåðõïîðòàëà, îáðàçîâàâøåãîñÿ íàä ðàçðóøåííûì Ñèòè 17. Ýòîò ïîðòàë äîëæåí âíîâü ïðî÷íî ñâÿçàòü Çåìëþ è âñåëåííóþ Àëüÿíñà, ÷òî ãðîçèò ÷åëîâå÷åñòâó ïðèõîäîì ïîäêðåïëåíèÿ èíîïëàíåòíûõ çàõâàò÷èêîâ è ïîâòîðåíèåì Ñåìè÷àñîâîé âîéíû («Åñëè îí íàáåð¸ò ïîëíóþ ñèëó òî ïîâòîðèòñÿ Ñåìè÷àñîâàÿ âîéíà. Òîëüêî íà ýòîò ðàç íàì íå ïðîäåðæàòüñÿ è ñåìè ìèíóò…» — Èëàé Âýíñ). Îäíàêî, èñïîëüçóÿ êîä ÷àñòîòû âîëíû ïîðòàëà, ó ïîâñòàíöåâ åñòü âîçìîæíîñòü çàêðûòü åãî ïðè ïîìîùè ðàêåòû ñî ñïóòíèêîì, íà êîòîðîì óñòàíîâëåí «çåí-ðåçîíàòîð», çàïóñòèâ åãî èç Áåëîé Ðîùè. Íî âñå óñóãóáëÿåòñÿ òåì, ÷òî ðàçâåäêà Àëüÿíñà îáíàðóæèëà áàçó è òóäà óæå íàïðàâëÿåòñÿ óäàðíàÿ àðìèÿ. Ôðèìåí è Àëèêñ âûíóæäåíû ïîòîðîïèòüñÿ, ÷òîáû óñïåòü äîñòàâèòü äàííûå è ïðåäóïðåäèòü ïîâñòàíöåâ î íàäâèãàþùåéñÿ óãðîçå.
