Во втором эпизоде нет такого сосредоточения на кооперативной игре, как в первом: хотя сюжетно игрок проходит всю игру вместе со своей напарницей Аликс Вэнс, во многих игровых событиях она по тем или иным причинам не принимает участия. Кроме Аликс, игроку предстоит сражаться бок о бок с дружественными вортигонтами.
В Episode Two был немного изменён инвентарь игрока: фонарик теперь работает на независимой от HEV-костюма Фримена батарее. Разработчики расширили круг использования гравипушки: помимо применения её вместе с бомбами для страйдеров, было добавлено множество новых объектов, которые можно запускать во врага.
Сюжет эпизода начинается там, где заканчивается Episode One. После взрыва Цитадели поезд, на котором уезжали Гордон Фримен и Аликс Вэнс, попадает под взрывную волну и терпит крушение. Им приходится добираться до главной базы Сопротивления — комплекса «Белая Роща» — своими силами. Главная цель — доставить в Белую Рощу данные, добытые в Цитадели, где содержатся секретные планы руководства Альянса, а также код частоты сверхпортала, образовавшегося над разрушенным Сити 17. Этот портал должен вновь прочно связать Землю и вселенную Альянса, что грозит человечеству приходом подкрепления инопланетных захватчиков и повторением Семичасовой войны («Если он наберёт полную силу то повторится Семичасовая война. Только на этот раз нам не продержаться и семи минут…» — Илай Вэнс). Однако, используя код частоты волны портала, у повстанцев есть возможность закрыть его при помощи ракеты со спутником, на котором установлен «зен-резонатор», запустив его из Белой Рощи. Но все усугубляется тем, что разведка Альянса обнаружила базу и туда уже направляется ударная армия. Фримен и Аликс вынуждены поторопиться, чтобы успеть доставить данные и предупредить повстанцев о надвигающейся угрозе.