В самом начале игры доступно лишь одно оружие — знаменитый бур, обладающий наибольшим уроном в ближнем бою среди всего арсенала. Урон от бура может быть усилен до максимума с помощью разнообразных гентоников (англ. Gene Tonik), улучшений в установках «Власть Народу» (англ. Power to the People) и получаемой через некоторое время после начала игры способности Drill Dash. Используя бур, следует следить за уровнем топлива, необходимого для вращения. Помимо бура арсенал игры включает гвоздомёт (англ. Rivet Gun), четырёхствольный пулемет, дробовик, гранатомет и гарпунное ружье (англ. Speargun). К каждому оружию имеется 3 вида боеприпасов со своими особенностями, подходящими против того или иного противника. Также в отличие от первой игры плазмиды и оружие можно использовать одновременно (перед вами на экране обе руки персонажа в отличие от других шутеров).Вступительный ролик повествует о событиях 1958 года (около 2 лет до начала Bioshock). Дельта сопровождает Маленькую Сестричку по имени Элеонора, она оказывается в окружении агрессивно настроенной группы людей (несмотря на маски на некоторых из них, физически они выглядят вполне нормально, но видимо зависимость от АДАМа уже сломала их разум), уже успевших отобрать у неё шприц с АДАМом. Одного Дельта убивает сразу же, спрыгнув на него с балкона, ещё с двумя он расправляется с помощью бура. Последний выживший успевает использовать на Дельте плазмид «Гипноз Большого Папочки», дезориентируя его. Через несколько секунд зелёный муар перед глазами ослабевает, сплайсеров уже нет, рядом с Элеонорой стоит София Лэмб. Она вкрадчиво объясняет Дельте, что Элеонора — её дочь, а не его. Она приказывает Дельте встать на колени, снять шлем и выстрелить себе в голову из пистолета. Элеонора с ужасом наблюдает за сценой, не в силах что-либо изменить. Дельта умирает.
Игра начинается 10 лет спустя, в 1968 году (8 лет после событий Первой части). Дельта приходит в себя в луже воды после возрождения в Вита-Камере, не понимая, что произошло. Первое, что он слышит после пробуждения — как его вызывает по рации Бриджит Тененбаум (знакомая нам с первого Bioshock). Она говорит Дельте, чтобы он нашёл её на Атлантик-Экспресс (название метро Восторга), по пути она рассказывает ему, что произошло с городом за прошедшие десять лет.
Позже, после отъезда поезда Тененбаум с Сестричками, на связь с Дельтой выходит некий Август Синклер, который будет помогать ему большую часть игры. Также у Дельты появляется враг — доктор София Лэмб, которая создала в Восторге идеологическую секту «Семья» и желает убить Дельту (как угрозу подросшей Элеоноре Лэмб). Однако Элеонора помогает Дельте, оставляя подарки.
Дельта направляется в убежище Софии на поезде-экспрессе, но дорогу преграждает оледенение. Остановка произошла как раз в парке развлечений Райана, где можно приобрести плазмид «Сожжение» и растопить ледник. Сам парк, по аудиозаписям его создателя Карлсона Фиддла, превращен в храм Райана и его идеи. моя оценка игре 9,3 из 10