Оригинал третьей части явился миру старанием разработчиков из id Software и издателя Activision в августе 2004 года, и установил тогдашнюю планку качества в плане графики. Спустя три месяца её поднял сиквел Half-Life, но его красоты заключались в проработке массивных областей и открытых пространств, в то время как DOOM 3 специализировался на местах а-ля «кошмар клаустрофоба» и нагнетании атмосферы безоглядного ужаса.
В конце двадцать первого века человечество истощило большинство природных ресурсов родной планеты и обратило свой взгляд на Марс. Построенные корпорацией UAC на Марсе в 2095 Лаборатории Альфа должны были исследовать возможные способы преобразования Марса в пригодную для человека планету. Сначала деятельность корпорации не вызывала особого интереса у общественности, но в 2140 году ведущий учёный UAC профессор Малкольм Бетругер разработал безопасный процесс, позволяющий на основе атомного синтеза получать практически любое вещество. Была построена установка, названная "фазовый деконструктор элементарных частиц". Беря за сырьевую основу оксид железа, из которого на девяносто процентов состояли марсианские пустыни, деконструктор мог произвести абсолютно всё. Воздух на Марсе, воду, еду, топливо. Идея обживания Марса стала обретать реальные черты. Параллельно были разработаны космические двигатели на основе деструктора, и корпорация UAC получила в свой распоряжение совершенный космический транспорт. В результате такого невероятного успеха инвестиции в акции UAC превысили все мыcлимые границы.