С началом Третьей Мировой Войны, деревне потребовались все боевые ресурсы, - Минато пришлось отправиться вместе с совсем ещё молодыми учениками на поле боя. Праздновавший повышение до Джонина ??????????и принимал подарки от товарищей, Обито же оставил его без подарка, таким образом объявив несносному напарнику бойкот. Команда стабильно участвует в боевых действиях, пока Рин, выполняющую роль ниндзя-медика, не захватывают в плен. Обито несётся спасать любимую, чему пытается препятствовать ??????????и, считая задание превыше всего. Позже Хатаке всё же меняет своё решение и приходит товарищу на помощь, теряя глаз. Друзья находят Рин и освобождают её, в пещере начинается камнепад, и Обито успевает оттолкнуть ??????????и и Рин, оставшись на месте. В результате половина его тела оказывается раздавленной камнем. Перед тем, как потерять сознание, Обито просит Рин пересадить его недавно пробуждённый Шаринган ??????????и в качестве прощального подарка в честь повышения. С Хатаке же он берёт слово, что тот будет защищать и оберегать Нохару. С той поры молодой Учиха официально считается мёртвым.
Но не всё заканчивается так просто. Обито выпадает шанс вновь открыть глаз. Он обнаруживает себя в пещере глубоко под землёй, утраченная часть тела медленно регенерируется под воздействием клеток Зецу. Мальчика спасает легендарный Учиха Мадара, пророча ему великое будущее в качестве его подельника в создании идеального мира. Обито проходит долгий курс реабилитации, но не хочет помогать старику. Всё, чего он хочет, это вернуться к друзьям. Тогда Мадара подстраивает похищение Рин ниндзя Тумана с целью запечатать в ней Исобу. Наблюдающие за Обито белые Зецу сообщают ему об этом, и герой вновь мчится спасать возлюбленную, но то, что он видит, шокирует его: Рин бросается на "Чидори" ??????????и. Мир Обито рушится. Его любовь погибает, а бывший соратник теряет сознание. В гневе герой сливается со Спиральным Зецу и уничтожает отряд Тумана, пробуждая Мангекё Шаринган. Затопив всё в округе кровью, Обито оплакивает Рин, после чего возвращается в убежище. План Мадары срабатывает идеально. Ему удаётся поселить тьму в сердце юноши.