Открываете в трее Windows "Поиск" - пишите Regedit - открывается редактор реестра - вам нужно пройти по следующему пути:
HKEY_CURRENT_USERSOFTWARESigmaTeamAlienRus
Там находите параметр FullScreen - и меняете значение 1 на 0
Проверяйте игру - она должна запуститься в оконном режиме уже без "морганий"