События игры происходят после окончания Mortal Kombat: Armageddon. Поле битвы усеяно мёртвыми бойцами. На вершине пирамиды остались двое — Шао Кан и Райдэн. Император, используя божественные силы Блейза, полученные после победы над ним, легко побеждает Райдэна — он швыряет его в сторону, и у Райдэна разбивается медальон. Райдэн успевает собрать осколки амулета и заложить в них заклинание, в то время как Шао Кан достаёт молот, чтобы нанести финальный удар. Кан ставит Рейдэна на колени и замахивается молотом, но Райдэн, завершив заклинание, посылает сообщение самому себе в прошлое: «Он должен победить!», прежде, чем молот Императора опускается на него. Сообщение успешно дошло до Райдэна в то время, когда начинался первый турнир. Получив его, Райдэн оказывается в недоумении, потому что на медальоне появилась трещина. После этого вся сюжетная линия от начала первого турнира идет по совершенно иному пути. Пред Райдэном предстают видения, по которым он узнаёт, что произойдёт в будущем, и пытается изменить его.

Райдэн и Лю Кан вначале были единственными бойцами, участвовавшими ради спасения Земного Царства, остальные преследовали свои цели. Скорпион хотел отомстить Саб-Зиро за смерть его семьи и клана, Соня Блейд хотела спасти Джакса, которого захватил Шан Цзун, Джонни Кейдж хотел всем доказать, что он сам проделывает все трюки в его фильмах, а не его каскадёры. Соня отправляется на поиски Джакса, но её чуть не убил Кано, однако Джонни Кейдж спасает Соню. Соня находит Джакса в темнице Шан Цзуна, но Цзун пытался убить Соню, но Рэйден остановил Цзуна. Но всё же после того как Кейдж побеждает в турнире Рептилию и Бараку, а Соня спасает Джакса, Райдэн объясняет Соне, Джаксу и Кейджу для чего создан этот турнир и почему они обязаны победить. Позже к ним присоединяется Ночной Волк. На следующий день турнир продолжается и появляется Скорпион и требует у Шан Цзуна битвы с Саб-Зиро. В тот же момент у Райдэна появляется видение что Кун Лао одетый в одного из слуг Шан Цзуна пробрался на турнир. Райдэн находит Лао и уговаривает его вернуться в храм монахов, так как монахи выбрали Лю Кана как кандидата в турнире. Но Лао говорит Райдэну что он ровня Лю Кану и вызывает на бой Скорпиона. Скорпион принимает вызов и побеждает Лао. Следующее видение Рэйдена о том, как Скорпион побеждает Саб-Зиро, и его душа в Нижнем Мире превращается в демоническую версию самой себя с новым именем Нуб Сайбот. Райдэн пытается не допустить этого и уговаривает Скорпиона не убивать Саб-Зиро, взамен Райдэн попросит у Старших Богов оживить его семью и клан. Кроме Саб-Зиро на турнире присутствуют ещё два бойца из клана Лин Куэй: Сектор и Сайракс. Всех троих нанял Шан Цзун для личной охраны. Позже, наконец, Скорпион сражается с Саб-Зиро и побеждает последнего. Скорпион не стал убивать Саб-Зиро, но тут появляется Куан Чи и призывает убить Саб-Зиро. Скорпион отказывается. Однако Куан Чи на этом не остановился и показал Скорпиону видение как Лин Куэй и Саб-Зиро убивают клан и семью Скорпиона. Хотя на самом деле это не правда. Семью и клан Скорпиона уничтожил сам Куан Чи в награду Саб-Зиро за выполненное задание. После увиденного Скорпион не сдерживается и убивает Саб-Зиро, сам Саб-Зиро успевает только сказать что это не он, но Скорпион его уже не слушает. После этого Райдэн пытается уговорить Сайракса встать на их сторону. Сам же Сайракс хоть и предан своему клану, но против того что лучших бойцов превращают в киборгов. Райдэн объяснил, что если Шан Цзун победит в этом турнире, то Земному Царству конец так же, как и клану Лин Куэй. Сайракс согласился встать на сторону Рэйдена. Шан Цзун узнал, что Сайракс перешёл на сторону Райдэна и решил избавится от него, отправив Шиву и Бараку покончить с Сайраксом, однако он их одолел. Позже после разговора Сектора с Шан Цзуном, Сайраксу дали ещё один шанс искупить предательство. Он должен был победить и убить Кейджа в следующем поединке, но тот пощадил Джонни. После Сектор окончательно понял, что Сайракс теперь на стороне Райдэна и попытался отправить его на кибернатизацию. Но Сайракс победил Сектора и покинул турнир так и не решив на чью сторону встать. Дальнейшая судьба Сектора неизвестна, возможно, что он покинул турнир. Тем же вечером Шан Цзун представляет нового бойца турнира Эрмака. Лю Кан - единственный из Земного Царства кто не проиграл ещё ни одного поединка, поэтому он единственная надежда на спасение Земли. Следующий поединок Эрмак против Лю Кана. Лю Кан побеждает. Шан Цзун поручает Китане убить Лю, так как он представляет опасность. Китана проигрывает, а сам Лю не убивает её и говорит, что не против встретится с ней ещё раз, но уже в другой обстановке. В следующем бою Лю Кан побеждает Куан Чи и Скорпиона. Шан Цзун объявляет, что следующий бой предстоит с чемпионом девяти турниров подряд, то есть с принцем Шоканов Горо. Однако и Горо не смог остановить Лю Кана, и для победы Лю остался один бой. Шан Цзун вызывает Лю Кана на поединок за титул чемпиона Смертельной Битвы. Лю Кан побеждает. Все бойцы Нижнего Мира возвращаются к Шао Кану, а Лю Кан получает титул нового чемпиона Смертельной Битвы. Однако амулет Райдэна продолжает разрушаться.

Шао Кан решает убить Цзуна за провал на турнире, но маг предлагает новый план — устроить второй турнир уже во Внешнем Мире. Кан дарует Цзуну молодость, и тот атакует шаолиньский монастырь вместе с армией таркатанов — расы Бараки. Не видя другого выхода, Райдэн и воины Земли принимают бой. Но и здесь всё идёт не так гладко. Воины Внешнего Мира пытаются покончить с Земными воинами вне турнира, что им отчасти удаётся. Ряды борцов Земли ослаблены, но турнир ещё не окончен. Райдэн же всё размышляет над словами «Он должен победить!», не зная, о ком они. Он решает выставить на последний бой Кун Лао, но после победы над Кинтаро, празднующий Лао гибнет от рук Императора. Лю Кан решает отомстить за своего друга и сражается с Шао Каном. Нанеся смертельный удар, Лю Кан побеждает в новом турнире. Но амулет Райдэна продолжает трескаться.

Тем временем выясняется, что Кан не убит. Он окончательно усомнился в лояльности Цзуна, чем пользуется Куан Чи. Он предлагает Императору воскресить его давно погибшую королеву Синдел на Земле, благодаря чему миры начинают сливаться. Таким образом, души погибающих борцов-защитников Земли попадают в руки Шао Кана. Райдэн вновь собирает обновлённый отряд бойцов для противостояния захватчикам. Воинам удаётся ослабить силы Внешнего Мира и остановить поглощение душ. Однако в склепе, бывшем их основной базой, на них нападают многочисленные киборги Лин Куэй. За небольшое время до этого Райдэн и Лю Кан отправляются к Старшим Богам за советом, но не получают его. К их возращению все воины Земли уже избиты или убиты Синдел, усиленной душой Шан Цуна. Саму же Синдел убивает ценой своей жизни Ночной Волк. Лю Кан, Соня и Джонни Кейдж, выжившие при атаке, отправляются на бой с Шао Каном. Райдэн решается на отчаянный шаг: попросить помощи у Куан Чи и отправляется в его логово. Маг натравливает на Райдэна призраков воинов Земли, убитых во время боя с Синдел, чьи души находятся в распоряжении колдуна. Победив их, Райдэн получает ответ: высказывание «Он должен победить!» относится к Шао Кану, так как только когда Кан будет близок к победе, Боги остановят его за нарушение своих законов о честной «турнирной» войне между мирами.

Райдэн добирается до портала на крыше одного из зданий, где Кан проходит процесс перехода в наш мир. Лю Кан уже не верит Райдэну и хочет сам победить Императора. Райдэн вынужден оказать ему сопротивление. Во время битвы Лю Кан использует огненный кулак против молнии Райдэна, что убивает его. В это время прибывает Император. Соня и Джонни пытаются оказать ему сопротивление, но тот просто раскидывает и так измученных бойцов. Повторяется сцена из начала игры, где Кан избивает Райдэна и готовится произвести fatality. Но, как только Император заносит молот для удара, Старшие Боги дают Райдэну силы для победы над нарушителем правил Смертельной Битвы. Райдэн сражается с Императором и побеждает. Используя силы Старших Богов, Райдэн окончательно изгоняет его из нашего мира. Райдэн, Соня Блейд и Джонни Кейдж телепортируются в безопасное место вместе с телом Лю Кана. В этот момент появляется Куан Чи, поднимающий шлем Кана и общающийся с находящимся в заточении падшим богом Шинноком. Выясняется, что события первых трёх турниров отчасти были планами колдуна и падшего бога по захвату миров. Шиннок говорит, что уже набирается силы, чтобы избавится от заточения и сокрушить и Земное Царство, и Внешний Мир.